医学中央雑誌(医中誌)は、国内で発行されている医学・歯学・薬学およびそ の関連領域から収集された文献データベースである。このデータベースを検索 した結果は、テキストファイルとしてダウンロードできる。ダウンロードする 際の出力形式には、標準形式 印刷用表示 タグ付き形式 医中誌CD形式 Medline形式 Refer/BibIX形式があるが、BibTeX形式はない。そこで、医中誌 の標準形式をBibTeX形式に変換するプログラムを作成した。
インストールの必要はなく、ダウンロードするだけでよい。
Jcode.pmがインストールされたperlの実行環境が必要です。出力される文字コー ドはeucになるため、eucのテキストファイルを扱える環境が必要です。
まず、最初に医中誌で検索をします。
デフォルトでは上記のような出力設定になっている。このまま「ダ ウンロード」ボタンを押下して、検索結果ファイルをダウンロードする。デ フォルトではichu.txtというshift-jisのファイルになっている。1項目は改行 なしの1行続きになっており、改行コードもDOS/Windows形式(CR+LF)である。
サンプルファイルichu.txtを用意した。以降はこれにそって説明する。右クリッ クしてリンク先を保存すると、文字コードなどが勝手に変更されることなくダ ウンロードできる。
ichu.txtに適宜改行を入れて見やすく表示すると下記のようになっている。
1 E130440004<Pre 医中誌> GIS(地理情報システム)を用いたインフルエンザウイルス感染症の空間的疫学解析 Author:坂井貴胤(新潟大学 大学院医歯学総合研究科生体機能調節医 学専攻内部環境調整医学講座小児科学分野) Source:新潟医学会雑誌(0029-0440)117巻11号 Page626-635(2003.11) 論文種類:原著論文 Abstract:新潟県内におけるインフルエンザ流行動態を,A型,B型の各 型別も含めて,地理情報システム(GIS)を用いた空間的疫学解析を行っ た.A型は多焦点で拡散し,B型では流行の中心が徐々に地理的に移動し ていく異なった流行伝播様式が明らかとなった.患者相互間距離の時 系列的な比較による数学的検討でも,空間的伝播様式の違いが支持さ れた.新潟県内の学級・学校閉鎖実施状況の点の濃淡表示による空間 的解析において,県全体では流行は上越地方から始まり,中・下越地方 へ,都市間では大きな市を中心としてその周辺部へと拡散していった ことが示唆された 2 2004061524 GIS(地理情報システム)の保健医療分野における応用について Author:平尾智広(香川大学 医学部医療管理学), 實成文彦 Source:香川県医師会誌(0288-3201)56巻特別 Page93(2003.11) 論文種類:会議録 シソーラス用語:地図; 地域保健医療サービス; 地域病院 医中誌フリーキーワード:地区診断 3 2003044560 海外伝染病,その現状と危機管理に向けて 栃木県における家畜衛生 地理情報システムの構築 Author:山口修(栃木県県央家畜保健衛生所) Source:日本獣医学会133回講演要旨集 Page79(2002.03) 論文種類:会議録 シソーラス用語:地図; 衛生学; 家畜; リスクマネジメント; 感染症; 動物の疾病 医中誌フリーキーワード:家畜衛生; 輸入感染症; 家畜伝染病; 栃木県 チェックタグ:動物; 獣医学
ichu2bibtex.plを使ってBibTeX形式に変換する。このファイルの内容を標準出 力からichu2bibtex.plに与えればよい。
$ cat ichu.txt | ichu2bibtex.pl
すると下記のように出力される。この出力を適当な名前(*.bib)をつけて保存すればよい。
@article{坂井03_GI, author = {坂井貴胤}, title = {GIS(地理情報システム)を用いたインフルエンザウイルス感染症の空間的疫学解析}, journal = {新潟医学会雑誌}, year = 2003, month = 11, volume = 117, number = {11}, pages = {626--635}, affiliation = {新潟大学 大学院医歯学総合研究科生体機能調節医学専攻内部環境調整医学講座小児科学分野}, yomi = {}, abstract = {新潟県内におけるインフルエンザ流行動態を,A型,B型の各型別も含めて,地理情報システム(GIS)を用いた空間的疫学解析を行った.A型は多焦点で拡散し,B型では流行の中心が徐々に地理的に移動していく異なった流行伝播様式が明らかとなった.患者相互間距離の時系列的な比較による数学的検討でも,空間的伝播様式の違いが支持された.新潟県内の学級・学校閉鎖実施状況の点の濃淡表示による空間的解析において,県全体では流行は上越地方から始まり,中・下越地方へ,都市間では大きな市を中心としてその周辺部へと拡散していったことが示唆された}, } @inproceedings{平尾03_GI, author = {平尾智広 and 實成文彦}, title = {GIS(地理情報システム)の保健医療分野における応用について}, journal = {香川県医師会誌}, year = 2003, month = 11, volume = 56, number = {特別}, pages = {93}, affiliation = {香川大学 医学部医療管理学}, yomi = {}, } @inproceedings{山口02_海, author = {山口修}, title = {海外伝染病,その現状と危機管理に向けて 栃木県における家畜衛生地理情報システムの構築}, journal = {日本獣医学会133回講演要旨集}, year = 2002, month = 03, pages = {79}, affiliation = {栃木県県央家畜保健衛生所}, yomi = {}, }
例としてリダイレクションでichu.bibというファイルを指定して、出力を ichu.bibに保存する。
$ cat ichu.txt | ichu2bibtex.pl > ichu.bib